- Saadjärve
- Saare
- Saare
- Saarepeedi
- Saari
- Sadala
- Saduküla
- Saha
- Saka
- Sakla
- Saku
- Salda
- Salla
- Salme
- Sandla
- Sangaste
- Sargvere
- Saru
- Saue
- Sauga
- Saula
- Saunja
- Savala
- Saverna
- Savikoti
- Sääse
- Särevere
- Seliste
- Selja
- Seljametsa
- Sihva
- Siimusti
- Silla
- Sillamäe
- Sillapää
- Simuna
- Sindi
- Sinialliku
- Siniküla
- Sinimäe
- Sipa
- Sirgu
- Soe
- Soeva
- Soinaste
- Sojamaa
- Soldina
- Sõmerpalu
- Sõmeru
- Sompa
- Sonda
- Soodoma
- Soometsa
- Soomevere
- Sooru
- Sõru
- Sõtke
- Sudiste
- Suigu
- Suislepa
- Sulbi
- Sultsi
- Supsi
- Sürgavere
- Surju
- Sutlema
- Sutlepa
- Suure-Jaani
- Suure-Kambja
- Suurejõe
- Suuremõisa
- Suurküla
- Suurpea
- Suurupi
