- Samokov
- Saračino
- Saraj
- Saramzalino
- Sarandinovo
- Saždevo
- Sedlarevo
- Sekirani
- Sekirci
- Sekirnik
- Selce
- Selce
- Selce
- Semenište
- Senokos
- Shtip
- Sirkovo
- Skačinci
- Skopje
- Sladuevo
- Slansko
- Slatina
- Slatino
- Slavej
- Slepče
- Slepče
- Slivje
- Slivnica
- Slivnik
- Sloeštica
- Slp
- Slupchane
- Smesnica
- Smilevo
- Smilovci
- Smolari
- Sogle
- Sojaklari
- Sopište
- Sopot
- Sopot
- Sopotnica
- Srbica
- Srbinovo
- Sredno Konjari
- Sredorek
- Srpci
- Stanjevci
- Star Dojran
- Star Istevnik
- Star Karaorman
- Staravina
- Stari Grad
- Staro Konjarevo
- Staro Lagovo
- Staro Nagorichane
- Staro Selo
- Staro Zmirnevo
- Staroec
- Stenče
- Stepanci
- Stojakovo
- Strahojadica
- Strajane
- Strelci
- Streževo
- Strimnica
- Strovija
- Struga
- Strugovo
- Strumica
- Studeničani
- Sušica
- Sušica
- Sušica
- Suvo Grlo
- Suvodol
- Suvodol
- Sveta
- Sveta Petka
- Sveti Nikole
- Sveto Mitrani
- Sveto Todori
- Svinište
